Análisis de los patrones de expresión genómica y proteómica de fibroblastos derivados de ratones knockout para h-ras y n-ras

Resumen

Con el fin de esclarecer la posible especificidad - o redundancia- funcional de H-ras y N-ras, hemos analizado los patrones de expresión genómica y proteómica de fibroblastos inmortalizados a partir de embriones knockout para los genes H-ras, N-ras, así como de dobles knockout H-ras/N-ras en condiciones de crecimiento estacionario y en respuesta a suero (ayuno de suero durante 24 horas, estimulación con suero durante 1 hora y estimulación con suero durante 8 horas). Mediante el software RMA y el paquete estadístico SAM, se realizó una normalización global inter-chip robusta y seleccionamos los genes con cambios de expresión significativa en las líneas celulares knockout respecto a las control en las condiciones de estudio. En primer lugar pudimos comprobar que la expresión y activación de cada uno de los miembros individuales de la familia ras está regulada de forma independiente, ya que la ausencia de N-Ras y/o H-Ras no causan cambios compensatorios en la expresión o en la activación de las otras isoformas de Ras. Además, los análisis cuantitativos y cualitativos de los patrones transcripcionales indican que, en todas las condiciones de estudio, N-ras ejerce mayor influencia en el transcriptoma celular que H-ras. La comparación funcional de las listas de genes expresados diferencialmente confirma la presencia de firmas moleculares asociadas a la ausencia de H-ras y N-ras. Así, H-Ras está implicado en procesos de proliferación y desarrollo, mientras que N-Ras lo está en apoptosis y respuesta inmune, funciones que controla a través de la vía de ERK/MAPK. En cuanto a los perfiles transcripcionales en respuesta a suero, los datos obtenidos sugieren la existencia de cierto solapamiento funcional entre ambos loci H-ras y N-ras tras la privación de suero durante 24 horas. Además, la estimulación con suero sugiere que N-ras está más implicado en la regulación de genes de respuesta inmediata y de la vía de ERK/MAPK, mientras que H-ras está más implicado en la regulación de la vía de PI3K. En resumen, nuestros resultados apoyan la teoría de la especificidad de función para H-Ras y N-Ras ya que, aunque pueda existir algún tipo de solapamiento funcional entre ambas proteínas, en la mayoría de los casos los patrones transcripcionales regulados por H-ras y N-ras son muy diferentes.