Staphylococcus spp. from animals intended for human consumption, animalderived food and humans in Spain and Senegalgenetic lineages, antibioresistance and virulence

Resumen

El primer informe global de la Organización Mundial de la Salud (OMS) sobre la situación de la resistencia a antibióticos, publicado en 2014, destacaba la necesidad de abordar ese problema con un enfoque “One Health”, centrándose en las interacciones entre los humanos, los animales y el medio ambiente. Las especies del género Staphylococcus, tanto coagulasa-positivo (SCoP) como coagulasa-negativo (SCoN), son comensales de piel y mucosas de personas y animales sanos, siendo a su vez patógenos oportunistas que pueden causar infecciones de piel y partes blandas, mastitis, intoxicaciones alimentarias, bacteriemias, etc. El objetivo de esta tesis fue analizar en primer lugar la diversidad de especies estafilocócicas en distintos nichos ecológicos incluyendo los animales salvajes y los de granja destinados al consumo humano, los animales de producción y las personas. Posteriormente, determinar el fenotipo/genotipo de resistencia a antibióticos de los aislados detectados, y evaluar la prevalencia de las líneas asociadas al ganado entre los aislados de S. aureus. En el primer capítulo, se estudió la epidemiología molecular de Staphylococcus spp. en especies animales destinadas al consumo humano minoritarias como son los jabalíes y los caballos en España. Se observó una gran diversidad estafilocócica en muestras nasales de jabalíes, siendo S. aureus (76.1%) y S. hyicus (16.4%) las especies predominantes entre los SCoP, y S. sciuri (39.7%) y S. xylosus (13%) las predominantes entre los SCoN. En los caballos, las especies predominantes fueron: S. aureus (37%), S. delphini (21%) y S. sciuri (21%). La mayoría de los aislados de jabalíes fueron pan sensibles (73,1% de los SCoP y 77,6% de los SCoN). Sin embargo, se detectaron entre los aislados SCoN, genes inusuales codificantes de la resistencia a macrólidos, lincosamides y fenicoles. En cuanto a los aislados de caballos, un 88,7% de los SCoP fueron pan sensibles mientras que un 48,6% de los SCoN mostraron resistencia a al menos un antibiótico testado. Se observaron fenotipos de multirresistencia solo en aislados SCoN en ambas especies animales. Entre los S. aureus de jabalíes, el linaje predominante fue el t3750-ST2328/CC133 (29,4%). También se detectó un aislado t011 del clon asociado a ganado SARM-CC398. ST1640 fue la línea genética más frecuente entre los S. aureus de caballos (61,7%). Todos los aislados S. aureus de caballos, excepto los del linaje ST1640 portaban los genes codificantes de la leucocidina específica de équidos (LukPQ) y del bloqueador de la activación del sistema complementario equino (eqSCIN). El segundo capítulo se centró en estafilococos de animales de producción de dos países con diferentes políticas de uso de antibióticos (ternero, cordero y cabra (España); vaca y pollo (Senegal)). En España, la prevalencia de estafilococos fue más elevada en muestras de ovino (54%) y caprino (50%), en comparación con las de vacuno (21%). En Senegal, se detectó una prevalencia mucho más alta en vacuno (26,8%) que en pollo (3%). La línea genética de S. aureus más frecuente en los aislados de España, fue el CC133 mientras que el ST291 fue el más abundante entre los aislados de Senegal. Se identificaron seis especies SCoN en cada uno de los países, siendo S. sciuri y S. simulans las más frecuentes en ambos países. Los aislados SCoP fueron mayoritariamente pan sensibles (España) o resistentes a penicilina (Senegal). En ambos países, un porcentaje relativamente elevado de los aislados SCoN presentaron resistencia a al menos uno de los antibióticos testados (32,5% (Senegal) y 47% (España)). Entre los SCoN de ambos países se detectaron aislados resistentes a penicilina, tetraciclina y SXT. Además, se observó resistencia a meticilina, estreptomicina, clindamicina, eritromicina, cloranfenicol y tobramicina entre los aislados de España. En aislados de ambos países, se detectaron los genes codificantes de la leucocidina de Panton-Valentine y se identificó el clon USA300 entre los aislados de España. En los capítulos tres y cuatro, se analizó la presencia del linaje CC398, por un lado entre aislados S. aureus de productos derivados de cerdo, y por otro lado entre aislados S. aureus de hemocultivos de pacientes de hospitales españoles (estudio multicéntrico) situados en provincias con diferentes niveles de densidad porcina. El linaje CC398 fue predominante entre los aislados S. aureus de productos derivados de cerdo (64,1%; n=23). La prevalencia de S. aureus resistente a meticilina (SARM)-CC398 fue del 20,8% (en productos con piel (oreja/morro, 76,6%); y sin piel (filete, 3,3%; carne picada, 14,8%); siendo este clon mayoritariamente asociado al spa-tipo t011. Todos los aislados MRSA-CC398 fueron mecA-positivos, tetraciclina-resistentes (tet(M) y tet(K)+/- tet(L)) y scn-negativo. El 82,6% de estos aislados fueron multirresistentes y el 17,4% portaban genes de virulencia. Se detectaron dos aislados sensibles a meticilina (SASM)-CC398. Ambos aislados fueron resistentes a penicilina y eritromicina/clindamicina-inducible (erm(T)), scn-positivos y tipados como t5452. En cuanto a los aislados clínicos, el 4,3% de los aislados S. aureus pertenecían al linaje CC398, siendo el 90,2% de ellos SASM, lo que representa un 5,2% y 3,9% de los aislados SASM y S. aureus, respectivamente. Los spa-tipos t571 y t1451 fueron predominantes entre los aislados SASM-CC398. La resistencia a eritromicina/clindamicina-inducible mediada por el gen erm(T) fue observada solo en aislados SASM-CC398 (72,9%). Todos los aislados SASM-CC398, excepto tres, fueron scn-positivos. No se observó una relación clara entre la prevalencia de SASM-CC398 en los hospitales y el nivel de densidad porcina de la zona correspondiente. Los aislados LA-SARM-CC398 fueron infrecuentes y detectados en hospitales situados en provincias de alta densidad porcina.