Estudio de la transmisión y la epidemiología de clostridioides difficile mediante la secuenciación de genoma completo

Resumen

La infección causada por Clostridioides difficile (ICD) es la principal causa de diarrea asociada al consumo de antibióticos en todo el mundo, y su epidemiología ha cambiado tras la irrupción de los ribotipos hipervirulentos e hiperepidémicos 027 y 078. El conocimiento de la epidemiología de este microorganismo en nuestro entorno es limitado y es por ello que se planteó esta Tesis Doctoral, con el objetivo de estudiar la epidemiología de la ICD en el Hospital Universitario Ramón y Cajal de Madrid, mediante las técnicas de ribotipificación por PCR y la posterior electroforesis capilar así como la secuenciación de genomas completos (SGC).En primer lugar se describe la incidencia y las características clínicas de los pacientes diagnosticados de ICD entre los años 2013 y 2018, identificándose una tendencia creciente de casos diagnosticados y de peticiones para el diagnóstico microbiológico. Además, se corroboró que la ICD ha dejado de ser una patología casi exclusivamente asociada al entorno hospitalario para tener una presencia creciente en la comunidad. Se analiza también los resultados epidemiológicos obtenidos tras implementar la ribotipificación con electroforesis capilar, identificándose gran diversidad de cepas circulantes (124 ribotipos diferentes), aunque únicamente 5 ribotipos (078, 106, 014/020, 001 y 027) fueron los responsables del 64,7 por ciento de los episodios de ICD.Posteriormente, se analiza mediante SGC las rutas y frecuencias de transmisión de los principales ribotipos. Se detectó una mayor frecuencia de transmisión en los ribotipos asociados al ambiente hospitalario (027, 106 y 001), respecto a los ribotipos más asociados a la comunidad y al mundo animal (078 y 014/020). Entre los eventos de transmisión identificados, tan solo el 17 por ciento se produjeron entre pacientes que habían coincidido al mismo tiempo en el mismo Servicio Médico, ocurriendo el 44 por ciento de las trasmisiones entre pacientes que no coincidieron en tiempo y el 39 por ciento entre pacientes que habían coincidido temporalmente, pero en distintas áreas. Nuestros resultados identificaron 17 clústeres de transmisión en tres años afectando a 85 pacientes en total, lo que nos lleva a hipotetizar que la transmisión ocurrió sin contacto directo entre pacientes sintomáticos. El ribotipo 027 se detectó por primera vez en nuestro hospital en septiembre de 2014, y hasta 2018 afectó a 32 pacientes, causando una situación de endemicidad debido a su alta transmisión. Nuestros resultados confirmaron que la SGC es una herramienta fundamental en los estudios de Epidemiología Molecular para el control y emergencia de clones. Además, esta técnica ha permitido cambiar importantes paradigmas sobre esta enfermedad, como es el modo de transmisión en el que intervienen múltiples factores. Finalmente, hay que destacar que los esfuerzos para el control de la ICD y de su transmisión no se deberían circunscribir al control de los pacientes sintomáticos, ya que los asintomáticos podrían ser también parte de la cadena de transmisión.A continuación, se describe la puesta a punto de la técnica de Transferencia de Microbiota Fecal (TMF) para el tratamiento de la ICD recurrente o refractaria. En el Hospital Ramón y Cajal, se constituyó el primer programa de TMF en España en 2015. Durante el periodo de estudio se realizaron 29 intervenciones, con tasas de curación próximas al 90 por ciento. Se describe la erradicación de la colonización por Klebsiella oxytoca productora de carbapenemasa tras la realización de una TMF para el tratamiento de ICD recurrente causada por el ribotipo 027, reforzando la posible utilidad de este procedimiento para la descolonización de pacientes con microorganismos multirresistentes. También se ha comprobado el estado de colonización por C. difficile tras el TMF, ya que, a pesar de ser una terapia clínicamente efectiva, se deben realizar controles de seguimiento a largo plazo.